La voz del bosque

La película empieza de Celebi huyendo de dos Pokémon malvados, los cuáles son Houndoom y Scyther, mandados por un cazador para atrapar a Celebi. En el mismo instante, se encuentra en el bosque Sam, un chico al que le encanta dibujar mucho, dibujando unos Bellosom. Al momento, Celebi pasa al lado de él y justamente detrás los Pokémon persiguiéndole. Sam se asombra, y va a ver que ocurre. Entonces ve que los dos Pokémon están atacando a Celebi, Sam ayuda a Celebi y sale corriendo con él cuando de repente aparece una luz blanca y los dos desaparecen delante del cazador y de los dos Pokémon que les perseguían. Al parecer Celebi y Sam viajan a través del tiempo.

Al tiempo, Ash, Pikachu, Brock y Misty están de visita en una ciudad. Le intrigan un bosque y van a verlo, entonces cuando están allí ven a un chico encima de un altar, entonces éstos cogen al nińo y lo llevan a casa de una anciana para que se recupere.

Sam, al recuperar la consciencia, les cuenta todo lo sucedido, y junto con Ash y los demás, van en busca del Pokémon. Tras una larga búsqueda, lo encuentran con muchos Pokémon que están agrupados alrededor de él.

En el mismo instante en el que encuentran a Celebi, aparece el cazador, pero éste cazador no es el mismo que en el Pasado, este cazador es uno del Presente que tiene en su poder una PokéBall llamada PokéBola Oscura, capaz de transformar a los Pokémon en criaturas malas y a la vez más fuertes de lo normal. Aunque siempre están nuestros amigos, Ash y los demás para ayudar a Celebi.

Ash y Sam combaten contra el cazador, Ash con su Bayleef y Sam con su Charmeleon pelea contra un fuerte Scyzor y un Houndoom, posteriormente contra un muy fuerte Tyranitar, que terminan agotados después de la pelea. Pero aunque los Pokémon del maligno cazador son derrotados, éste consigue atrapar a Celebi en su PokéBola Oscura, y hace que Celebi se vuelva maligno.

Entonces Ash apoyado por Suicune, combate contra el cazador y su fuerte y oscuro Celebi, al que acaban venciendo y matando. Ash coge corriendo a Celebi y lo mete en el lago, para ver si sobrevive, pero entonces ven que no ha sobrevivido y de repente salen cientos de Celebi volando y consiguen revivir a Celebi. Celebi ya purificado del mal, lucha contra el cazador y consigue derrotarlo.

Al final, Sam y Celebi se despiden de Ash y vuelven al pasado. Justamente después llaman al Profesor Oak, el cuál sabe el nombre de este chico y Ash y los demás se preguntan como lo sabe, el Profesor Oak le dijo que siempre serían amigos. Sam es la joven versión del Profesor Oak.